Fyrsta starfsár skólans þjónaði hann nemendum í 1.-7. bekk, skólinn "óx svo upp" þannig að haustið 2012 var hann í fyrsta sinn "heildstæður", þ.e.a.s. með nemendur í 1.-10. bekk.
Fyrsta starfsárið voru 153 nemendur í skólanum en haustið 2022 eru tæplega 380 nemendur innritaðir í Naustaskóla.