Naustaskóli var byggður í tveimur áföngum og lauk framkvæmdum við fyrri áfangann haustið 2009. Vorið 2011 hófust svo framkvæmdir við seinni áfangann, var fyrsti hluti hans (verkgreina- og unglingastigsálma) tekinn í notkun haustið 2012 og aðrir hlutar (samkomusalur, bókasafn, matsalur, stjórnunarálma, íþróttahús o.fl.) á árunum 2013-2016.
Í fyrri áfanganum eru tvö af þremur heimasvæðum nemenda, heimilisfræðistofa, skólavistun, tónmenntastofa o.fl., alls um 2300 fermetrar.
Í seinni áfanganum er svo eitt heimasvæði til viðbótar, íþróttasalur, matsalur, samkomusalur, bókasafn, sérgreinastofur, stjórnunarálma o.fl. Fullbyggður er skólinn rúmlega 6000 fermetrar.
Á tenglunum hér til hliðar má nálgast nánari upplýsingar um húsnæðið, s.s. teikningar o.fl.