Þann 27. maí 2008 var fyrsta skóflustungan tekin að byggingu Naustaskóla. Sigrún Björk Jakobsdóttir, bæjarstjóri Akureyrar, tók
fyrstu skóflustunguna en henni til aðstoðar voru börn á leikskólanum Naustatjörn. Við sama tilefni var undirritaður samningur milli Fasteigna
Akureyrarbæjar og SS Byggir ehf. um byggingu skólans.